Krzyżackie panowanie
Jednak dalsza historia Miasta to nękanie przez Krzyżaków, którzy w 1308 roku podstępnie opanowali gród i wybudowali nowy zamek. Jednak z drugiej strony, to Krzyżacy zorganizowali ośrodek miejski z rajcami i burmistrzem.
Gdańsk a Związek Hanzeatycki – Autonomia Miasta
Około roku 1400 roku Miasto Gdańsk, będące członkiem Związku Hanzeatyckiego, miało tak wysoką pozycję, że dorównywała mu tylko Lubeka.
Kolejny etap – Wojna 13-letnia doprowadziła do odzyskania przez Polskę Pomorza Gdańskiego, Warmii, Żuław i Ziemi Chełmińskiej, prowadzona była przez Polskę w dużym stopniu za gdańskie pieniądze i przy pomocy gdańskich wojsk i floty.
Bardzo ważny był rok 1457, kiedy to Król Polski Kazimierz Jagiellończyk ustanowił autonomię Gdańska nadając mu specjalne przywileje, co zapewniło rozkwit Miasta przez kolejne 300 lat.
W tym okresie Miasto miało prawo do:
Jednak rozwój i coraz większa samodzielność Miasta budziła także niezadowolenie władców Rzeczypospolitej, którzy próbowali podporządkować sobie Gdańsk. Doszło nawet w 1577 roku, za panowania Stefana Batorego, do wojny z królem i Rzeczypospolitą. Nie ograniczyło to jednak dalszego rozwoju Miasta.
W XVII wieku rozpoczął się tzw. złoty okres Gdańska. W tamtym czasie wybudowano ponad 300 spichrzów oraz kamienice. Silna pozycja Gdańska miała wymiar międzynarodowy. Ponadto Gdańsk posiadał silne fortyfikacje, tak iż Szwedzi podczas wojny z Polską w XVII i XVIII wieku nie próbowali ich zdobyć.
Jednak działania wojenne miały wpływ na osłabienie Miasta, bowiem w wyniku wojen szwedzkich nastąpił zastój gospodarczy.
W okresie rozbiorów, Gdańsk został odcięty od reszty Polski. Ponadto król pruski Fryderyk II wprowadził blokadę gospodarczą Gdańska.
W wyniku wojen napoleońskich, od roku 1807 Gdańsk staje się Wolnym Miastem. Jego status został przypieczętowany w 1920 roku w wyniku postanowień Traktatu Wersalskiego oficjalnie powołano do istnienia Wolne Miasto Gdańsk. Jednak konflikt polityczny z państwem polskim, spowodował, że zaczęto stawiać na budowę i rozwój konkurencyjnego miasta i portu – Gdyni.
Gdańsk po II Wojnie Światowej
Dalsza, bardziej już znana historia Miasta to atak Niemców 1 września 1939 roku na Westerplatte i Pocztę Polską, które rozpoczęły II wojnę światową. W wyniku wojny Miasto Gdańsk zostało zniszczone, co miało miejsce w największym stopniu pod koniec wojny, podczas tzw. „wyzwolenia” miasta przez wojska radzieckie i polskie. Pozostałych jeszcze w Mieście, rodowitych gdańszczan wysiedlono do Niemiec, a na ich miejsce przesiedlano ludność ze wschodu, Pomorza i centralnej Polski.
Po wojnie Miasto Gdańsk rozwijało się dzięki rozbudowie Stoczni. Także z tego powodu podupadło w latach 90-tych wraz z decyzją jej zamknięcia.
Wcześniej jednak – Stocznia stała się symbolem sprzeciwu wobec władz komunistycznych. W wyniku protestów w latach 1968, 1970 i 1980 – tych powstała „Solidarność”.